本所成立之宗旨在於培育從事海洋資源及生態系評估研究,進而能擬定管理政策之高級專業人才。為達成此一目標,本所研究方向將著重於族群現況(Population status)之評估、以及該物種在生態系統中所扮演之角色(Role of the species in its ecosystem)和遭受威脅(Threats)之研究,並進而提出管理與保育相關措施﹔同時本所亦將針對生態系統之經營管理與物種保育之相關法規(Legislation)與政策(policy)加以研究與探討;目前國內尚無專門培育此一領域研究之系所,因此本所之成立可謂因應時代需要,並順應國際間海洋資源管理利用與保育之趨勢。