本所之發展擬提供四個研究方向: (1)海洋生態系評估研究(Assessment of marine ecosystem) (2)資源評估與管理研究(Stock assessment and management) (3)海洋政策與法規研究(Marine policy and law) (4)資源經濟研究(Resource economics)。茲將四個發展方向與重點敘述如下:

1.海洋生態系評估研究:

       以生態系的觀點針對研究對象物種的棲地物理、化學以及生物之特性以及生物適應棲地之機制,研究族群結構、資源參數(Population Parameters)、密度和族群量。透過上述研究可建立種類及生態系的資訊,同時針對族群漸減或具潛在受脅的物種進行長期之資源量追蹤監控,發現數量有急劇降低趨勢時,找出原因,作為日後防治的依據。

2.資源評管理與保育      

   資源雖可更新(renew),但並非取之不盡,用之不竭; 因此,如何在利用與管理保育上求取平衡,乃一重要之課題。此外,當資源和環境遭受迫害時,亦應研擬復原計劃,制定摒除外來壓力之政策(如禁魚以及設定保護區),並同時應進行繁殖復育如種苗放流等研究,使受威脅之物種能逐漸恢復原貌。

3.海洋政策及規研究:

    根據以上之研究結果,掌握海洋資源及環境之特性及其相互間之關係,訂定完整之利用與管理策略,以利國家經濟和環境保護之同步發展。有關海洋保護問題,則經由政策及其他相關學術領域之研究,訂定可行之海洋資源管理與保護法規。

4.資源經濟研究:

    根據以上之研究結果,掌握海洋資源及環境之特性及其相互間之關係,訂定完整之利用與管理策略,以利國家經濟和環境保護之同步發展。有關海洋保護問題,則經由政策及其他相關學術領域之研究,訂定可行之海洋資源管理與保護法規。

    以上四個研究方向,彼此間有密切關連,譬如針對某一海域,先進行該生態系之調查,經評估得知某一資源或生態系統受到威脅時,做一妥當的對策以為因應,再針對資源及環境訂定處理措施,再而研訂相關法規。故本所提供具連貫性的一套海洋生態防衛系統的研究領域。